到馬祖前
台灣本島的遊客，可以透過搭乘飛機(台北、台中)、船舶(基隆)方式到達馬祖各島，建議購買台灣好行@馬祖的車票前，先上航空公司(立榮航空、華信航空)網站、馬祖海上交通訂位購票系統(https://www.matsuebs.com/)購買機票、船票，再於本網站訂購台灣好行@馬祖的車票。
以下為松山機場、台中國際機場、基隆港地圖參考：
台北松山機場－國內線： https://tinyurl.com/y5jzv2yt
台中國際機場－國內線： https://www.tca.gov.tw/cht/index.php?
基隆港西岸旅客碼頭： https://cruise.twport.com.tw/PortInfo.aspx?hid=5&a=2591&l=1&r=22901702037
到馬祖後
南竿
遊客到達馬祖後，可以自行前往首站搭車；或可出示訂位證明搭乘免費接駁專車前往首站搭車。欲搭乘免費接駁專車的遊客，請事先於購票時勾選，並提早於台灣好行巴士發車前30分鐘於接駁候車處乘車。
1.南竿機場：上午08:20、下午13:10提供免費接駁專車，請遊客於到達南竿機場時，依照指示牌前往接駁候車處，乘車時出示訂位證明。
2.福澳碼頭：上午08:10、下午13:20提供免費接駁專車，請遊客到達福澳碼頭時，依照指示牌前往接駁候車處，乘車時出示訂位證明。
北竿
1.北竿機場：請遊客到達北竿機場時，依照指示牌步行至對面塘岐站。
2.北竿－白沙碼頭：上午07:50及下午13:20出示訂位證明可免費搭乘市區公車至塘岐站。
莒光
東莒－猛澳港及西莒－青帆港：依單雙月路線特性，遊客可於上午07:50及11:50在路線起站碼頭依照指示牌前往候車處。
東引
中柱港：因船班到港時間與台灣好行發車時間有較長等待時間落差，暫無接駁服務。